Le changement climatique sera couplé à une acidification des océans et à de profonds bouleversements dans le fonctionnement des écosystèmes marins. Difficile toutefois de les quantifier précisément dans l’état actuel des connaissances. À cela s’ajoute la poursuite des activités anthropiques, avec pour conséquences l’accroissement des flux de polluants et l’introduction de nouvelles molécules chimiques, dont on ne sait rien des effets à long terme.

Dans le cas de la conchyliculture, ces changements sont déjà observables au travers de l’émergence de nouvelles pathologies, de surmortalité chez des espèces exploitées ou encore d’efflorescences d’algues toxiques ; tout cela peut se produire assez rapidement.

Depuis les années 1970, ces phénomènes, d’abord épisodiques, sont devenus systématiques, mettant en question la viabilité des modèles d’exploitation à moyen et long termes. En France, l’ostréiculture repose quasi exclusivement sur l’huître du Pacifique Crassostrea gigas, introduite dans les années 1970 suite à la disparition de l’espèce Crassostrea angulata. En parallèle, l’espèce endémique des côtes européennes, l’huître plate Ostea edulis, a connu un effondrement massif des stocks ; elle ne s’en est jamais remise, son exploitation restant minoritaire.

La profession a interrogé son modèle de production, basé sur de l’élevage monospécifique.

Depuis 2008, cette détérioration des stocks ostréicoles s’accélère sur tous les sites d’exploitation ; ces événements, observés dans de nombreux pays, ont été nommés « syndrome des mortalités estivales ». Plusieurs programmes de recherche nationaux ont été établis afin d’en identifier les causes chez l’huître creuse : les programmes Morest, Progig et Oysterecover ont notamment mis en évidence l’émergence du viru